本文详述了如何用R project管理自己的项目，简单介绍了project的结构示例，以及如何使其与自己的git项目关联，并实现随时随地管理自己的项目并于他人共享。

建立属于自己的R项目

为什么要用R project

简单来说，使用R project的目的主要是为了复用和共享。读了三年生信方向的研究生，我发现我们这些初学者最大的问题就是理不清楚自己的代码和流程，大多数人选择是新建文件夹，把所有的脚本一股脑的丢进去，心细者将脚本再分分类再命个名，偷懒的可能就啥也不管了。作为后果，当后辈找我要脚本的时候，我可能要找个半天，然后回复他‘emm找不到了’；如果我一毕业，估计项目对于后来者的意义也是完全不大，反正换个数据估计就跑不下来了。整个项目基本全靠自己，没人也没法有人给提意见，跟人交流也很不方便，很多东西可能都靠心有灵犀了。 但是最近学习了R project这个东西，我发现是真心好用（准确来说是菜鸡发现了git的好用，建立Rproject说白了就是为了这个）。把自己的项目整个推送到gitlab上，然后但凡修改都能找到前后对比，改错了也能及时回滚，感觉贼舒服。这篇文章主要还是写给自己和师弟看，要保证自己项目的规范性。好了，废话不多，赶紧上手。

创建R project

流程a：file -> New Project -> New Directory -> New Project -> Directory name (建议底下两个全勾上，第一个帮你创建.git文件夹，第二个是非常好用的包管理工具) -> Create Project 流程b：file -> New Project -> Existing Directory -> 指定文件夹 -> Create Project (这方法属实不推荐，除了建了一个.Rproj等于啥也没干，需要自己初始化git，我还不如用第一种方法然后把文件全mv过来) 流程c：file -> New Project -> Version Control -> Git (svn 没用过不知道) -> Create Project (同样需要指定文件夹，还需要指定git clone的地址，用于已有git的情形） 接下来，可以打开.gitignore（如果有的话），把不想上传的文件和文件夹给ignore掉，比如数据文件和中间文件。

R project的项目结构示例

 └── my_project
 ├── src # 这部分用来装R函数或者其他的可执行文件
 │ ├── bin # 可执行文件或者外程序包比如java包
 │ └── scripts # R函数脚本
 ├── output # 输出数据 ignore
 ├── data # 数据文件，你不会想把这个上传git的，进.gitignore
 │ ├── raw # 原始数据 ignore
 │ └── processed #中间文件 ignore
 ├── reports # 报告，保存一些rmd生成的pdf/ppt，再也不用担心我的进展汇报啦
 ├── README.md # 项目简介
 ├── analysis.R # 调用函数的函数，需要的图表作为函数输出，结合rmarkdown舒服
 ├── .gitignore # who is ignored
 ├── all.rmd # rmarkdown，配合analysis.R，生成pdf报告挺不错的
 ├── require.R # 把用到的包都require一遍，以防万一
 └── packrat # 里面主要存储安装包的信息(可选,这个文件夹通常挺大)。

packrat的原理搞不太懂，貌似是会把所有的包都给本地化，我深切的怀疑R包的可移植性，见仁见智。 注：.gitignore里添加文件夹必须加上/ ，比如data/

上传git

生成rsa key

流程：上方Tools -> Global Options -> Git/SVN -> Create RSA keys -> View public key 然后都跟着提示来，这样你就创建了一个用于SSH连接的RSA秘钥，复制之 。

注册一个git账号并添加秘钥

我用的自建gogs，so见仁见智，不会安装或者不会注册的可以百度之。 添加秘钥以gogs为例，账户设置 -> SSH设置 -> 增加秘钥 -> 把刚刚复制的秘钥粘上去，确认。 创建好对应的git repository（这步不能漏），下边会提示你如何初始化这个仓库。

推送R项目

进入terminal界面（没有的话Tools -> Terminal -> New Terminal），执行以下命令：

git config --global user.email "[email protected]"
git config --global user.name "Your Name"

遵循前面提到的提示，进行仓库初始化。之后再要推送可以执行以下命令：

git add .
git commit -m \'message\'
git push

message请简要描述本次的修改内容。 也可以在GIT按钮里使用对应的操作，此处不详述了。 两千字小作文终于写完了，再见，收藏夹吃灰把~