在linux服务器上做植物转录组数据回帖，需要从phytozome下植物基因组，木有ui于是使用api方法下载。 欢迎大家批评指正，转载请标明出处：https://www.ivistang.com/articles/304 (opens new window)

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获取下载文件列表files.xml

curl 'https://genome.jgi.doe.gov/portal/ext-api/downloads/get-directory?organism=PhytozomeV12' -b cookies > files.xml

xml列表形式的PhytozomeV12所有可下载物种与信息，相当于https://genome.jgi.doe.gov/portal/pages/dynamicOrganismDownload.jsf?organism=PhytozomeV12 (opens new window) 中的内容。 PhytozomeV12可以换成其他物种。

下载文件

比如说我要下载拟南芥基因组Athaliana_167_TAIR9.fa.gz 首先从files.xml中找到对应url记录

<file label="PhytozomeV12" filename="Athaliana_167_TAIR9.fa.gz" size="34 MB" sizeInBytes="35962482" timestamp="Wed Jan 08 16:37:22 PST 2014" url="/portal/ext-api/downloads/get_tape_file?blocking=true&url=/PhytozomeV12/download/_JAMO/585474417ded5e78cff8c47b/Athaliana_167_TAIR9.fa.gz" project="" library="" md5="f4ffc2e412f4e6d907aa18d6f4777f22" fileType="Assembly" />

然后同样适用curl进行下载，注意把&改成&

curl 'https://genome.jgi.doe.gov/portal/ext-api/downloads/get_tape_file?blocking=true&url=/PhytozomeV12/download/_JAMO/585474417ded5e78cff8c47b/Athaliana_167_TAIR9.fa.gz' -b cookies > Athaliana_167_TAIR9.fa.gz

官方参考链接：https://genome.jgi.doe.gov/portal/help/download.jsf#/api (opens new window)